マニフェストは、送付を受けた日から5年間保管しなければなりません。また1年間（4月から翌年3月まで）に交付し返却されたマニフェストの記載内容に関する報告書「産業廃棄物管理票交付等状況報告書」を作成し、都道府県知事に6月30日までに提出しなければなりません。電子マニフェスト使用の場合は、保管義務と報告義務は免除されます。保管報告は、JW-NETで行います。